商朝末年，商紂王帝辛祭祀女媧時，於女媧宮中寫詩褻瀆上古神明女媧，遂失天道。軒轅墳三妖奉女媧之命為禍殷商，以示懲戒。因軒轅墳三妖禍亂商朝，天下大亂，周武王岐山起兵，逐鹿天下。 
        上古洪荒仙人妖三界崩分，鴻鈞老祖化為天道後，坐下童子昊天成為玉帝統管新天庭，天庭初建無神管理，昊天擔憂無神管理的三界崩壞，遂向鴻鈞老祖求要神仙，鴻鈞老祖已化為天道，授意門下闡截人三教仙人共簽封神榜，定365正神。而闡截二教不合，以商周之爭為契機，各輔佐一方，展開封神之爭。 
        人界商周爭霸，仙界闡截相爭，卻不料諸仙共簽的封神榜不知緣何失蹤。封神榜若不能簽則天下山河，五湖四海，飛禽走獸之神皆不能封。屆時山河崩裂，四海狂暴，最終人間將回到上古天柱斷，天河水灌入人間，下界妖孽橫生禍害人間時的慘狀。玩家為當年女媧補天時五彩補天石九世轉世靈童，鴻均老祖徒孫，有挽救天下之靈根。聞封神榜失，偷偷離開紫宵洞府前往三界尋回封神榜，以救天下。