混沌的睜開雙眼，整個世界由模糊逐漸清晰……
　　主人翁晃動了一下麻木的身體，被疼痛刺醒，隱約看到兩個黑袍紅雲紋飾的男人離去。身側，是一個面帶關切的陌生男性忍者，突然襲來一陣刺骨的疼痛，主人翁再次昏睡過去……而過往的記憶也隨之消散。
　　沒有人知道他的身世來歷，甚至連主人翁自己也對自己的過去深感困惑。被木葉村暗部救下的他，身上似乎天生就有著成為優秀忍者的天賦和潛質，就這樣適應了忍者世界的生活。
　　忍者之路遍佈荊棘，主人翁曾被曉組織襲擊並企圖帶走，這讓每個主人翁身邊的人都給予他更多的關懷。從以防身為目的傳授他忍術，而主人翁天生的優秀潛質和勤奮，讓他在很短的時間內實力便足夠匹敵各路忍界精英。
　　成長的道路總是漫長並且坎坷的。此事的主人翁，已經不只是為了保護自己而活著了。他的生命有了更多的意義，保護同伴、保護村子，更擔負著忍界和平的責任，奔走於忍界各大國之間。而主人翁，也一邊為了【影】這個位置而努力著。一邊，為了追尋惡勢力組織而展開了生命的征途。
　　在這個忍者的世界裡，忍者基本上是一個雇傭兵形式的角色：平時以接各種任務獲取酬金為生，戰時轉為戰鬥部隊。主人翁就這樣生活在這個世界當中，他的出色逐漸被所有人認同，在一次次驚險的戰鬥中，他終於遇到了一直在尋找的曉組織。主人翁一直沒有放棄尋找有關他身世資訊的任何機會。
　　主人翁最終成為一名如神話傳說般厲害的忍者。而此時，他還是沒能瞭解到自己的身世來歷…… 前方等待著他的又會是怎樣流刃若火或高潮迭起的故事呢?