戰爭副本可說是《臥龍Online》的一大特色！為了讓玩家能體驗三國時期宏偉遼闊的知名戰役， 《臥龍Online》全力打造了數十個不同的主軸副本，不僅每個副本中都有豐富動人的故事情節，更利用遊戲策略對戰的特性，展現出一般遊戲所無法呈現的大規模戰爭場景。例如：氣勢宏偉、雷霆萬鈞的【赤壁】副本，就是以司馬懿與諸葛亮雙雄首次展開宿命對決的故事為主軸，發展出最扣人心弦、奇謀巧智的萬船大戰！其他如【三英戰呂布】、【官渡之戰】、【祁山之戰】等如史詩般壯闊的戰爭副本，讓玩家感受到以往所無法經歷的，宏大無比的古戰場氣勢。

除了大家耳熟能詳的知名戰役之外，隨著劇情的發展，為了解開歷史的真相，玩家隨著記憶的拼圖，進入一個又一個神祕莫測的副本，如:【秦皇陵】、【八陣圖】、【九恨天】等，玩家必須運用更多的策略元素，包括投石炮、召龍術等，讓玩家享受更加錯綜複雜、驚險刺激的遊戲歷程！