《超時空艦隊X》有豐富的資源系統，在平時的生產中主要用到4種資源：核電能、超合金、粒子能、SV水晶。

四種資源分別對應以下加工廠：

核電能——核子反應爐

粒子能——粒子採集器

SV水晶——晶體分離廠

超合金——金屬加工廠

其中核電能的儲存場所是能源倉，其餘三種是資源倉，升級這兩種倉庫就可以擴充容量了。

除了升級工廠外，可以利用星球間的貿易、交易所、探索/險、征收等額外獲得資源。

科技點介紹：

除了這4種基本資源，在升級科技時還會消耗一定數量的科技點數，每個空間站元件每天會提供科技點，尤其是建造“太空軍校”能獲得較多的科技點，另外指揮官進行“野外探險”也會獲得豐厚的科技點獎勵。

文明點介紹：

如果要在其他星球殖民，就需要文明點數達到一定數量，文明點數是每天不斷積累的，每次殖民行動是不會消耗文明的，需要殖民的星球越多，文明點就需要積累更多。